氨基柱是同時可以用于正相條件和反相條件的這一點很多用戶都已經知道；但是要注意到的是：正相溶劑和反相溶劑往往是不互溶的，對這一點的忽略可能會帶給使用者一些麻煩。
      對于新購買到的柱子，首先請注意打開分析測試說明書，了解柱子的保存溶劑。如果保存溶劑與你將要使用的流動相極性不同不會互溶，請先用異丙醇過渡。過渡 過程中注意因異丙醇粘度較大，會導致柱壓很高，適當調低流速即可。如果要使用的流動相中還含有緩沖鹽類，建議在用分析流動相之前，先用不含緩沖鹽的同比例 流動相過渡，這樣可避免緩沖鹽在分析柱內的析出。
柱效檢測：
      我用于判斷一個用戶是否有經驗的指標之一，是用戶是否習慣配制一些柱效檢測標準溶液。說到柱效檢測，我可以向大家提供一個方法，而且很通用，你也可以用同樣的標準溶液和流動相來檢測硅膠柱和氰基柱。
      流動相：10％乙酸乙酯＋90％正己烷 流速1.0
      標準溶液： 乙苯（如乙苯找不動就用甲苯代替唄）＋苯甲酸甲酯
      檢測波長254nm
      這個方法特別適用于新購柱子（新購柱子往往保存在正相溶劑中）時即進行檢測，如有問題，可及時與供應商溝通。也適合在柱子在準備放置相當長一段時間之前進行充分清洗后進行檢測作為記錄留檔。在平常的使用過程中，如果分析物是固定重復的，我們當然可以從對分析物的分離分析情況來作出判斷；但如果分析物和分析條件不同時，定期檢測柱效可以避免柱效下降導致分離不佳再分析查找原因這樣浪費人力物力的過程。不過特別要注意的是，當氨基柱（或氰基柱）在反相條件中使用時，如用該條件檢測，請注意流動相的換相過渡問題。
氨基柱的使用：
     需要注意的是，氨基柱的鍵合官能團氨丙基要比C18,C8柱的鍵合官能團C18,C8要容易水解，所以首先要做好其使用壽命稍遜的心理準備，特別是當你的使用條件是反相條件下時。
      反相條件下使用時，要特別注意控制PH值范圍，PH值越低越有發生水解的危險，流動相中水的比例越高當然也越有發生水解的危險。所以，在使用后以及準備長時間放置該柱時，必要的清洗和將氨基柱保存于純的有機溶劑中是很好的保養措施。
      有一種情況是，當使用氨基柱進行酸性物質如果汁的分析時（分析其中的糖份），酸性物質的存在意味著質子的存在，可能會使略帶負電荷的氨基官能團質子化，導致使用一段時間后對于某些類的分析物保留性質有所改變或表現在柱效下降。這時，專家所給的建議是：用5-10倍的柱體積的含0.5- 1.0％NH3的50-50乙腈-水溶液沖洗該柱（沖洗后當然要再用不含堿的流動相洗去多余氨），之后再進行分析這類酸性分析物時建議在流動相中略微添加 少許氨如0.1％。

 氨基柱的清洗：
      簡單說起來，正相條件下使用的氨基柱你就參照硅膠柱的清洗方法；反相條件下使用的氨基柱你就參照C18的清洗方法。
平時在正相條件下使用：
      首先用50倍柱體積的異丙醇清洗，因異丙醇粘度較大可適當放低流速；之后，用50倍的甲醇清洗；之后，用異丙醇過渡回到平常使用的正相流動相，即可。
平時在反相條件下使用：
       緩沖鹽應及時沖洗，以及不能直接用純甲醇沖洗緩沖鹽等，屬常識就不作特別交待了。
       用50倍純甲醇沖洗；之后，用異丙醇過渡后，用二氯甲烷沖洗色譜柱；之后，再用異丙醇過渡回來到甲醇條件下。
      這些清洗方法，主要是針對當樣品中有雜質逐步吸附累積到填料上時的處理方法，色譜柱表現行為為諸如柱壓增高柱效降低等
       氨基柱的使用方法
       1.  氨基柱既可以正相使用，也可以反相使用，但是要注意到的是：正相溶劑和反相溶劑往往是不互溶的，正常情況新氨基柱保存在正相環境中。 氨基柱保存在正己烷-乙腈（99：1）中。
       2. 正相使用
       2.1 新柱子可直接用流動相。推薦先用正己烷-乙腈（99：1）以0.5ml/min的流速沖10倍柱體積，再根據流動相選用極性相近的氯仿或二氯甲烷以相同的流速沖10倍柱體積，最后換成流動相。
      2.2正相使用時，不宜分析含醛基、羰基的化合物，不可用于還原糖的分析；流動相要徹底脫氣，并不得含有羰基化合物和過氧化物（質量不好的乙醚、四氫呋喃含有少量）。
      2.3 任何時候更換流動相時都要確保新流動相與柱子原保存液可互溶。
      3 反相使用
      3.1  先用正己烷-乙腈（99：1）以0.5ml/min的流速沖10倍柱體積，再依次以相同的流速相同的用量用氯仿、異丙醇、甲醇、甲醇-水（50：50）沖柱子。
      3.2  以0.5ml/min的流速用30倍柱體積的pH11.0的氫氧化鈉水溶液沖柱子（注意pH值切不可超過11.0），立即用水（0.5ml/min的流速，30倍柱體積）沖洗，再換成流動相。
      3.3 配制流動相時，應各組分分別量取，比例較小的組分要精密量取，需調pH值時要精密到0.1。
      3.4 反相條件下使用時，要特別注意控制pH值范圍，pH值越低越有發生水解的危險，流動相中水的比例越高當然也越有發生水解的危險。最理想的pH范圍在pH 3.0-7.0。
      3.5 如果要使用的流動相中還含有緩沖鹽類，建議在用分析流動相之前，先用不含緩沖鹽的同比例流動相過渡，這樣可避免緩沖鹽在分析柱內的析出。
      3.6  有一種情況是，當使用氨基柱進行酸性物質的分析時，酸性物質的存在意味著質子的存在，可能會使略帶負電荷的氨基官能團質子化，導致使用一段時間后對于某 些類的分析物保留性質有所改變或表現在柱效下降。建議：用5-10倍的柱體積的含0.5-1.0％NH3的乙腈-水(50:50)溶液沖洗該柱（沖洗后當 然要再用不含堿的流動相洗去多余氨），之后再進行分析這類酸性分析物時建議在流動相中略微添加少許氨如0.1％。
      4 色譜柱的沖洗：簡單說起來，正相條件下使用的氨基柱就參照硅膠柱的清洗方法；反相條件下使用的氨基柱就參照C18的清洗方法。
      5 色譜柱的保存
      5.1 正相使用時，將柱子沖洗干凈后，用正己烷-乙腈（99：1）保存。
      5.2 反相使用時，如短期不用，可用甲醇或乙腈保存；長期不用時需將甲醇依次用異丙醇、氯仿置換，最后用正己烷保存。
       6 色譜柱的再生
       6.1 方案1：依次用甲醇、異丙醇、氯仿、正己烷、氯仿、異丙醇、甲醇沖柱子（各以
0.5ml/min的流速，20倍柱體積），再換流動相。這些清洗方法，主要是針對當樣品中有雜質逐步吸附累積到填料上時的處理方法，色譜柱表現行為為諸如柱壓增高柱效降低等。
       6.2 方案2：NH2柱用于反相條件時，NH2鍵會水解，尤其是在該柱子pH范圍以外，在極端酸性和堿性條件下柱壽命會下降很快，如果在這個條件下使用需要清洗一下，需要用10倍柱體積溶液沖洗，如下：
                  95％水/5％乙腈
                  THF四氫呋喃
                  95％乙腈/5％水
                  并保持95％乙腈/5％水繼續沖洗，以低流速0.2-0.5mL/min過夜沖洗。
      6.3 方案3：柱子使用一定時間后，柱效下降，老化，也可清洗一下柱子恢復柱性能,清洗時依次用10倍柱體積的下列溶液沖洗：
                  95％水/5％乙腈
                  THF四氫呋喃
                  95％乙腈/5％水
                  再走流動相即可